单从定义来看，顿号的使用是简单明确的，但是在实际使用中，却出现许多因层次不清而错用顿号的现象，下面举例分析。
层次高低混乱
（1）幕府山之阳，古墓葬分布较多，为东晋皇室、王、谢豪族喜爱。
句中“王、谢”之间的顿号与前面的顿号不是一个层次，前面“皇室”是个层次，后面“王、谢”是一个层次，后面低于前面，“王”“谢”之间的顿号应该去掉，或者把第一个顿号改为逗号。
（2）为了提高八股文写作的自觉性，他还以八股文为核心，将中央的国子监、地方的府、州、县学、城乡的社学、义学、私塾即公私小学三级学校教育，县、府、道三级秀才选拔考试，和乡试、会试、殿试三级科举考试组合成一个“三三三”制的系统工程。
这段话中的顿号运用很成问题，混淆了“中央”“地方”“城乡”之间的层次高低关系，应把第一、四两个顿号改为逗号。
层次大小混乱
（3）心理健康课为学生提供了一个说心里话、宣泄情绪、情感的机会和场所。
句中两个顿号不在一个层次上。整个句子中“说”和“宣泄”是并列的，前面的顿号层次大，后面的顿号层次小，属于“宣泄”这个层次内部的小层次里面的并列关系，应把第一个顿号改为逗号。
（4）原广东省委第一书记任仲夷、原卫生部副部长黄树则、数学家王寿仁、语言学家张志公、戏剧家焦菊隐、洪深、石羽、书法家刘炳森、文学评论家侯金镜、医学家朱宪彝、顾学勤等。
句中第一、二、三、四、七、八、九处顿号应改为逗号，因为这几个顿号层次比第五、六、十处的顿号层次大一级，不能与那几处的顿号并列为一个层次。
（5）他不仅以油画《天安门前》、《小八路》、《母亲》、素描《突围》等主题性创作闻名，也以为小说《林海雪原》作插图为人称道。
句中“油画“与“素描”是一个层次的并列关系，第三个顿号表示的并列层次大于前面的两个顿号，应该改为逗号。
层次逻辑混乱
（6）盆地内还蕴藏着丰富的石油、煤炭、铅、锌、金、银等多种有色金属和贵重金属。
句中逻辑混乱，所举“石油”“煤炭”不属于金属，这两项与其他各项不是一个层次，因此第二处顿号应改为逗号。